Genesis 2 Backwards Compatibility Bridge | 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output | time = 0.500005 ; step = 100001 |
| 1. Expected output | Final Vm = -0.07105 |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 2.82743e-09 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 6.28319e-10 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "reduce" |
| 2. Expected output |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export all ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END GROUP
GROUP "cell"
SEGMENT "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( G_MAX = 1200 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( G_MAX = 360 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END SEGMENT
SEGMENT "dend"
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output | time = 0.500005 ; step = 100001 |
| 1. Expected output | Final Vm = -0.07105 |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "Ex_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 2.82743e-09 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 6.28319e-10 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "reduce" |
| 2. Expected output |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "Ex_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export all ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "Ex_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END GROUP
GROUP "cell"
SEGMENT "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( G_MAX = 1200 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( G_MAX = 360 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END SEGMENT
SEGMENT "dend"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
CHANNEL "Ex_channel"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( G_MAX = 50 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( G_MAX = 50 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
END SEGMENT
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command |
setfield /neurospaces_integrator heccer_dump_selection { HECCER_DUMP_VM_COMPARTMENT_MATRIX + HECCER_DUMP_VM_COMPARTMENT_DATA + HECCER_DUMP_VM_COMPARTMENT_OPERATIONS + HECCER_DUMP_VM_CHANNEL_POOL_FLUXES + HECCER_DUMP_VM_MECHANISM_DATA + HECCER_DUMP_VM_MECHANISM_OPERATIONS + HECCER_DUMP_VM_SUMMARY }
|
| 2. Expected output | genesis |
| 1. Executed command | call /neurospaces_integrator NSINTEGRATOR_DUMP |
| 2. Expected output | Heccer (pcName) : (/cell) Heccer (iStatus) : (20) Heccer (iErrorCount) : (0) Heccer Options (iOptions) : (0) Heccer Options (dIntervalStart) : (-0.1) Heccer Options (dIntervalEnd) : (0.05) Heccer Options (dConcentrationGateStart) : (4e-05) Heccer Options (dConcentrationGateEnd) : (0.3) Heccer Options (iIntervalEntries) : (3000) Heccer Options (iSmallTableSize) : (149) Heccer (dTime) : (0.500005) Heccer (dStep) : (5e-06) Compartment (mc.iType) : (1) Compartment (mc.iType) : (1) Tables (iTabulatedGateCount) : (3) Compartment operations ----- 00000 :: FORWARD_ELIMINATION 0 00001 :: FINISH 00002 :: BACKWARD_SUBSTITUTION 2 00003 :: FINISH_ROW 00004 :: FINISH Mechanism operations ----- 00000 :: COMPARTMENT -1.31948e-10 0 397887 1.04242 00001 :: INITIALIZECHANNEL 0.045 4.53047e-07 00002 :: SPRINGMASS -1 (nil) -1 0 0 -1 0 0 00003 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00004 :: INITIALIZECHANNEL -0.082 3.39786e-08 00005 :: SPRINGMASS -1 (nil) -1 1 0 -1 0 0 00006 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00007 :: COMPARTMENT -5.03854e-10 5e-10 88419.4 1.01001 00008 :: INITIALIZECHANNEL 0.045 3.39292e-06 00009 :: LOADVOLTAGETABLE 00010 :: CONCEPTGATE 0 3 (nil) 0.0436651 00011 :: CONCEPTGATE 1 1 (nil) 0.356333 00012 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00013 :: INITIALIZECHANNEL -0.082 1.01788e-06 00014 :: LOADVOLTAGETABLE 00015 :: CONCEPTGATE 2 4 (nil) 0.466239 00016 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00017 :: EVENTGENERATE (dVm) 0 0.01 2147483647 0.003515 0 00018 :: FINISH VM Diagonals (pdDiagonals[0]) : (1.04242) VM Diagonals (pdDiagonals[1]) : (1.01001) VM Axial Resistances (pdAxres[0]) : (-0.00925926) VM Axial Resistances (pdAxres[1]) : (-0.0416667) VM Axial Resistances (pdAxres[2]) : (-0.0416667) VM Axial Resistances (pdResults[0]) : (-0.0711828) VM Axial Resistances (pdResults[1]) : (1.04242) VM Axial Resistances (pdResults[2]) : (-0.0710563) VM Axial Resistances (pdResults[3]) : (1.01427) VM Membrane Potentials (pdVms[0]) : (-0.0711767) VM Membrane Potentials (pdVms[1]) : (-0.07105) |
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output | time = 0.500005 ; step = 100001 |
| 1. Expected output | Final Vm = -0.07105 |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 2.82743e-09 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 6.28319e-10 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
CELL "h"
PARAMETERS
PARAMETER ( path = "../##[TYPE=compartment]" ),
END PARAMETERS
END CELL
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "reduce" |
| 2. Expected output |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
CELL "h"
PARAMETERS
PARAMETER ( path = "../##[TYPE=compartment]" ),
END PARAMETERS
END CELL
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export all ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END GROUP
GROUP "cell"
SEGMENT "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( G_MAX = 1200 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( G_MAX = 360 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
END SEGMENT
SEGMENT "dend"
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CELL "h"
PARAMETERS
PARAMETER ( path = "../##[TYPE=compartment]" ),
END PARAMETERS
END CELL
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output | time = 0.500005 ; step = 100001 |
| 1. Expected output | Final Vm = -0.07105 |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "Ex_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 2.82743e-09 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 6.28319e-10 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
CELL "h"
PARAMETERS
PARAMETER ( path = "../##[TYPE=compartment]" ),
END PARAMETERS
END CELL
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "reduce" |
| 2. Expected output |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export no ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "Ex_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU1 = ..->TAU1 ),
PARAMETER ( TAU2 = ..->TAU2 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END GROUP
GROUP "cell"
CHILD "compartment" "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "compartment" "dend"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
END CHILD
CELL "h"
PARAMETERS
PARAMETER ( path = "../##[TYPE=compartment]" ),
END PARAMETERS
END CELL
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export all ndf STDOUT /**" |
| 2. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
IMPORT
END IMPORT
PRIVATE_MODELS
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
GROUP "proto"
END GROUP
GROUP "output"
END GROUP
GROUP "library"
SEGMENT "compartment"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "Ex_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END GROUP
GROUP "cell"
SEGMENT "soma"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
CHANNEL "Na_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( G_MAX = 1200 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
HH_GATE "HH_inactivation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
CHANNEL "K_hh_tchan"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( G_MAX = 360 ),
END PARAMETERS
HH_GATE "HH_activation"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
GATE_KINETIC "A"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
GATE_KINETIC "B"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
END HH_GATE
END CHANNEL
ATTACHMENT "spike"
PARAMETERS
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
END SEGMENT
SEGMENT "dend"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
CHANNEL "Ex_channel"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( G_MAX = 50 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
CHANNEL "Inh_channel"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( G_MAX = 50 ),
END PARAMETERS
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
ATTACHMENT "synapse"
END ATTACHMENT
END CHANNEL
END SEGMENT
CELL "h"
PARAMETERS
PARAMETER ( path = "../##[TYPE=compartment]" ),
END PARAMETERS
END CELL
END GROUP
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output | time = 0.500005 ; step = 100001 |
| 1. Expected output | Final Vm = -0.07105 |
| 1. Expected output | genesis |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export all ndf /tmp/simplecell-all.ndf /cell/**" |
| 2. Expected output | genesis |
| 1. Executed command | call model_container NEUROSPACES_COMMAND "export library ndf /tmp/simplecell-library.ndf /cell/**" |
| 2. Expected output | genesis |
| 1. Executed command |
setfield /neurospaces_integrator heccer_dump_selection { HECCER_DUMP_VM_COMPARTMENT_MATRIX + HECCER_DUMP_VM_COMPARTMENT_DATA + HECCER_DUMP_VM_COMPARTMENT_OPERATIONS + HECCER_DUMP_VM_CHANNEL_POOL_FLUXES + HECCER_DUMP_VM_MECHANISM_DATA + HECCER_DUMP_VM_MECHANISM_OPERATIONS + HECCER_DUMP_VM_SUMMARY }
|
| 2. Expected output | genesis |
| 1. Executed command | reset |
| 2. Expected output | genesis |
| 1. Executed command | set_nsintegrator_verbose_level 2 |
| 2. Expected output | genesis |
| 1. Executed command | call /neurospaces_integrator NSINTEGRATOR_DUMP |
| 2. Expected output | Heccer (pcName) : (/cell) Heccer (iStatus) : (20) Heccer (iErrorCount) : (0) Heccer Options (iOptions) : (0) Heccer Options (dIntervalStart) : (-0.1) Heccer Options (dIntervalEnd) : (0.05) Heccer Options (dConcentrationGateStart) : (4e-05) Heccer Options (dConcentrationGateEnd) : (0.3) Heccer Options (iIntervalEntries) : (3000) Heccer Options (iSmallTableSize) : (149) Heccer (dTime) : (0) Heccer (dStep) : (5e-06) Compartment (mc.iType) : (1) Compartment (mc.iType) : (1) Tables (iTabulatedGateCount) : (3) Compartment operations ----- 00000 :: FORWARD_ELIMINATION 0 00001 :: FINISH 00002 :: BACKWARD_SUBSTITUTION 2 00003 :: FINISH_ROW 00004 :: FINISH Mechanism operations ----- 00000 :: COMPARTMENT -1.31948e-10 0 397887 1.04242 00001 :: INITIALIZECHANNEL 0.045 4.53047e-07 00002 :: SPRINGMASS -1 (nil) -1 0 0 -1 0 0 00003 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00004 :: INITIALIZECHANNEL -0.082 3.39786e-08 00005 :: SPRINGMASS -1 (nil) -1 1 0 -1 0 0 00006 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00007 :: COMPARTMENT -5.03854e-10 5e-10 88419.4 1.01001 00008 :: INITIALIZECHANNEL 0.045 3.39292e-06 00009 :: LOADVOLTAGETABLE 00010 :: CONCEPTGATE 0 3 (nil) 0.0436651 00011 :: CONCEPTGATE 1 1 (nil) 0.356333 00012 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00013 :: INITIALIZECHANNEL -0.082 1.01788e-06 00014 :: LOADVOLTAGETABLE 00015 :: CONCEPTGATE 2 4 (nil) 0.466239 00016 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00017 :: EVENTGENERATE (dVm) 0 0.01 2147483647 0.003515 0 00018 :: FINISH VM Diagonals (pdDiagonals[0]) : (1.04242) VM Diagonals (pdDiagonals[1]) : (1.01001) VM Axial Resistances (pdAxres[0]) : (-0.00925926) VM Axial Resistances (pdAxres[1]) : (-0.0416667) VM Axial Resistances (pdAxres[2]) : (-0.0416667) VM Axial Resistances (pdResults[0]) : (-0.0711828) VM Axial Resistances (pdResults[1]) : (1.04242) VM Axial Resistances (pdResults[2]) : (-0.0710563) VM Axial Resistances (pdResults[3]) : (1.01427) VM Membrane Potentials (pdVms[0]) : (-0.0711767) VM Membrane Potentials (pdVms[1]) : (-0.07105) |
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output |
#!neurospacesparse
// -*- NEUROSPACES -*-
NEUROSPACES NDF
PRIVATE_MODELS
GROUP "proto_3_3"
END GROUP
CHILD "proto_3_3" "proto_inserted_3"
END CHILD
GROUP "output_4_4"
END GROUP
CHILD "output_4_4" "output_inserted_4"
END CHILD
SEGMENT "compartment_6_6"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHILD "compartment_6_6" "compartment_inserted_6"
END CHILD
GATE_KINETIC "A_9_9"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.045 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 100000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -4500 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
CHILD "A_9_9" "A_inserted_9"
END CHILD
GATE_KINETIC "B_10_10"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.018 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 4000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
CHILD "B_10_10" "B_inserted_10"
END CHILD
HH_GATE "HH_activation_8_8"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
CHILD "A_9_9" "A"
END CHILD
CHILD "B_10_10" "B"
END CHILD
END HH_GATE
CHILD "HH_activation_8_8" "HH_activation_inserted_8"
END CHILD
GATE_KINETIC "A_12_12"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.02 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 70 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
CHILD "A_12_12" "A_inserted_12"
END CHILD
GATE_KINETIC "B_13_13"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.04 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 1000 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
CHILD "B_13_13" "B_inserted_13"
END CHILD
HH_GATE "HH_inactivation_11_11"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
CHILD "A_12_12" "A"
END CHILD
CHILD "B_13_13" "B"
END CHILD
END HH_GATE
CHILD "HH_inactivation_11_11" "HH_inactivation_inserted_11"
END CHILD
CHANNEL "Na_hh_tchan_7_7"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
CHILD "HH_activation_8_8" "HH_activation"
END CHILD
CHILD "HH_inactivation_11_11" "HH_inactivation"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "Na_hh_tchan_7_7" "Na_hh_tchan_inserted_7"
END CHILD
GATE_KINETIC "A_16_16"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = -0.01 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.06 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = 10000 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = -600 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
CHILD "A_16_16" "A_inserted_16"
END CHILD
GATE_KINETIC "B_17_17"
PARAMETERS
PARAMETER ( HH_AB_Tau = 0.08 ),
PARAMETER ( HH_AB_Offset_E = 0.07 ),
PARAMETER ( HH_AB_Add = 0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Factor_Flag = -1 ),
PARAMETER ( HH_AB_Mult = -0 ),
PARAMETER ( HH_AB_Scale = 125 ),
END PARAMETERS
END GATE_KINETIC
CHILD "B_17_17" "B_inserted_17"
END CHILD
HH_GATE "HH_activation_15_15"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
CHILD "A_16_16" "A"
END CHILD
CHILD "B_17_17" "B"
END CHILD
END HH_GATE
CHILD "HH_activation_15_15" "HH_activation_inserted_15"
END CHILD
CHANNEL "K_hh_tchan_14_14"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
CHILD "HH_activation_15_15" "HH_activation"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "K_hh_tchan_14_14" "K_hh_tchan_inserted_14"
END CHILD
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2_19_19"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
CHILD "eq2_19_19" "eq2_inserted_19"
END CHILD
ATTACHMENT "synapse_20_20"
END ATTACHMENT
CHILD "synapse_20_20" "synapse_inserted_20"
END CHILD
CHANNEL "Ex_channel_18_18"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
CHILD "eq2_19_19" "eq2"
END CHILD
CHILD "synapse_20_20" "synapse"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "Ex_channel_18_18" "Ex_channel_inserted_18"
END CHILD
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2_22_22"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
CHILD "eq2_22_22" "eq2_inserted_22"
END CHILD
ATTACHMENT "synapse_23_23"
END ATTACHMENT
CHILD "synapse_23_23" "synapse_inserted_23"
END CHILD
CHANNEL "Inh_channel_21_21"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
CHILD "eq2_22_22" "eq2"
END CHILD
CHILD "synapse_23_23" "synapse"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "Inh_channel_21_21" "Inh_channel_inserted_21"
END CHILD
ATTACHMENT "spike_24_24"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
CHILD "spike_24_24" "spike_inserted_24"
END CHILD
GROUP "library_5_5"
CHILD "compartment_6_6" "compartment"
END CHILD
CHILD "Na_hh_tchan_7_7" "Na_hh_tchan"
END CHILD
CHILD "K_hh_tchan_14_14" "K_hh_tchan"
END CHILD
CHILD "Ex_channel_18_18" "Ex_channel"
END CHILD
CHILD "Inh_channel_21_21" "Inh_channel"
END CHILD
CHILD "spike_24_24" "spike"
END CHILD
END GROUP
CHILD "library_5_5" "library_inserted_5"
END CHILD
HH_GATE "HH_activation_8_8"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 3 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
CHILD "A_9_9" "A"
END CHILD
CHILD "B_10_10" "B"
END CHILD
END HH_GATE
CHILD "HH_activation_8_8" "HH_activation_inserted_8"
END CHILD
HH_GATE "HH_inactivation_11_11"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 1 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
CHILD "A_12_12" "A"
END CHILD
CHILD "B_13_13" "B"
END CHILD
END HH_GATE
CHILD "HH_inactivation_11_11" "HH_inactivation_inserted_11"
END CHILD
CHANNEL "Na_hh_tchan_7_7"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 1.2e-06 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
CHILD "HH_activation_8_8" "HH_activation"
END CHILD
CHILD "HH_inactivation_11_11" "HH_inactivation"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "Na_hh_tchan_7_7" "Na_hh_tchan_7_27"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( CHANNEL_TYPE = "ChannelActInact" ),
PARAMETER ( G_MAX = 1200 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "Na_hh_tchan_7_27" "Na_hh_tchan_inserted_27"
END CHILD
HH_GATE "HH_activation_15_15"
PARAMETERS
PARAMETER ( POWER = 4 ),
PARAMETER ( state_init = -1 ),
END PARAMETERS
CHILD "A_16_16" "A"
END CHILD
CHILD "B_17_17" "B"
END CHILD
END HH_GATE
CHILD "HH_activation_15_15" "HH_activation_inserted_15"
END CHILD
CHANNEL "K_hh_tchan_14_14"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 3.6e-07 ),
), ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
CHILD "HH_activation_15_15" "HH_activation"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "K_hh_tchan_14_14" "K_hh_tchan_14_28"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( CHANNEL_TYPE = "ChannelAct" ),
PARAMETER ( G_MAX = 360 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "K_hh_tchan_14_28" "K_hh_tchan_inserted_28"
END CHILD
ATTACHMENT "spike_24_24"
PARAMETERS
PARAMETER ( output_amp = "1" ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
END PARAMETERS
END ATTACHMENT
CHILD "spike_24_24" "spike_24_29"
PARAMETERS
PARAMETER ( THRESHOLD = 0 ),
PARAMETER ( REFRACTORY = 0.01 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "spike_24_29" "spike_inserted_29"
END CHILD
SEGMENT "compartment_6_6"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHILD "compartment_6_6" "soma_6_26"
BINDINGS
INPUT Na_hh_tchan->Vm,
INPUT K_hh_tchan->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( INJECT = 5e-10 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.0594 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 2.82743e-09 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 3e-05 ),
PARAMETER ( LENGTH = 3e-05 ),
PARAMETER ( DIA = 3e-05 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
END PARAMETERS
CHILD "Na_hh_tchan_inserted_27" "Na_hh_tchan"
END CHILD
CHILD "K_hh_tchan_inserted_28" "K_hh_tchan"
END CHILD
CHILD "spike_inserted_29" "spike"
END CHILD
END CHILD
CHILD "soma_6_26" "soma_inserted_26"
END CHILD
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2_19_19"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
CHILD "eq2_19_19" "eq2_inserted_19"
END CHILD
ATTACHMENT "synapse_20_20"
END ATTACHMENT
CHILD "synapse_20_20" "synapse_inserted_20"
END CHILD
CHANNEL "Ex_channel_18_18"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.003 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.003 ),
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
END PARAMETERS
CHILD "eq2_19_19" "eq2"
END CHILD
CHILD "synapse_20_20" "synapse"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "Ex_channel_18_18" "Ex_channel_18_31"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = 0.045 ),
PARAMETER ( CHANNEL_TYPE = "ChannelSynchan" ),
PARAMETER ( G_MAX = 50 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "Ex_channel_18_31" "Ex_channel_inserted_31"
END CHILD
EQUATION_EXPONENTIAL "eq2_22_22"
PARAMETERS
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
END PARAMETERS
END EQUATION_EXPONENTIAL
CHILD "eq2_22_22" "eq2_inserted_22"
END CHILD
ATTACHMENT "synapse_23_23"
END ATTACHMENT
CHILD "synapse_23_23" "synapse_inserted_23"
END CHILD
CHANNEL "Inh_channel_21_21"
BINDABLES
INPUT Vm,
OUTPUT G,
OUTPUT I,
END BINDABLES
PARAMETERS
PARAMETER ( G_MAX =
GENESIS2
(
PARAMETER ( scale = 1 ),
PARAMETER ( value = 5e-08 ),
), ),
PARAMETER ( TAU2 = 0.02 ),
PARAMETER ( TAU1 = 0.02 ),
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
END PARAMETERS
CHILD "eq2_22_22" "eq2"
END CHILD
CHILD "synapse_23_23" "synapse"
END CHILD
END CHANNEL
CHILD "Inh_channel_21_21" "Inh_channel_21_32"
BINDINGS
INPUT ..->I,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( Erev = -0.082 ),
PARAMETER ( CHANNEL_TYPE = "ChannelSynchan" ),
PARAMETER ( G_MAX = 50 ),
END PARAMETERS
END CHILD
CHILD "Inh_channel_21_32" "Inh_channel_inserted_32"
END CHILD
SEGMENT "compartment_6_6"
PARAMETERS
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.00999999 ),
PARAMETER ( INJECT = 0 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
END PARAMETERS
END SEGMENT
CHILD "compartment_6_6" "dend_6_30"
BINDINGS
INPUT Ex_channel->Vm,
INPUT Inh_channel->Vm,
END BINDINGS
PARAMETERS
PARAMETER ( ELEAK = -0.07 ),
PARAMETER ( Vm_init = -0.07 ),
PARAMETER ( RM = 0.33333 ),
PARAMETER ( CM = 0.01 ),
PARAMETER ( SURFACE = 6.28319e-10 ),
PARAMETER ( rel_Z = 0 ),
PARAMETER ( rel_Y = 0 ),
PARAMETER ( rel_X = 0.0001 ),
PARAMETER ( LENGTH = 0.0001 ),
PARAMETER ( DIA = 2e-06 ),
PARAMETER ( RA = 0.3 ),
PARAMETER ( PARENT = ../soma ),
END PARAMETERS
CHILD "Ex_channel_inserted_31" "Ex_channel"
END CHILD
CHILD "Inh_channel_inserted_32" "Inh_channel"
END CHILD
END CHILD
CHILD "dend_6_30" "dend_inserted_30"
END CHILD
GROUP "cell_25_25"
FORWARDPARAMETERS
PARAMETER ( NAME_0 = "/cell/dend/Inh_channel->G_MAX" ),
PARAMETER ( VALUE_0 = 0.397888 ),
PARAMETER ( NAME_1 = "/cell/dend/Ex_channel->G_MAX" ),
PARAMETER ( VALUE_1 = 0.795775 ),
PARAMETER ( NAME_2 = "/cell/soma/K_hh_tchan->G_MAX" ),
PARAMETER ( VALUE_2 = 360 ),
PARAMETER ( NAME_3 = "/cell/soma/Na_hh_tchan->G_MAX" ),
PARAMETER ( VALUE_3 = 1200 ),
END FORWARDPARAMETERS
CHILD "soma_inserted_26" "soma"
END CHILD
CHILD "dend_inserted_30" "dend"
END CHILD
END GROUP
CHILD "cell_25_25" "cell_inserted_25"
END CHILD
END PRIVATE_MODELS
PUBLIC_MODELS
CHILD "proto_3_3" "proto"
END CHILD
CHILD "output_4_4" "output"
END CHILD
CHILD "library_5_5" "library"
END CHILD
CHILD "cell_25_25" "cell"
END CHILD
END PUBLIC_MODELS
|
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 2. Preparation needed before the commands below : | Create the output/ directory |
| 3. And repared afterwards using : | Remove the generated output files in the output/ directory |
| 1. Expected output | application_output_file: ..//output/cell.out expected_output_file: ..//tests/specifications/strings/simplecell1-ssp.txt |
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 1. Expected output | Heccer (pcName) : (unnamed test) Heccer (iStatus) : (20) Heccer (iErrorCount) : (0) Heccer Options (iOptions) : (0) Heccer Options (dIntervalStart) : (-0.1) Heccer Options (dIntervalEnd) : (0.05) Heccer Options (dConcentrationGateStart) : (4e-05) Heccer Options (dConcentrationGateEnd) : (0.3) Heccer Options (iIntervalEntries) : (3000) Heccer Options (iSmallTableSize) : (149) Heccer (dTime) : (0) Heccer (dStep) : (5e-06) Intermediary (iCompartments) : (2) Compartment (mc.iType) : (1) Compartment (iParent) : (-1) Compartment (dCm) : (2.82743e-11) Compartment (dEm) : (-0.0594) Compartment (dInitVm) : (-0.07) Compartment (dInject) : (5e-10) Compartment (dRa) : (12732.4) Compartment (dRm) : (1.17892e+08) Compartment (mc.iType) : (1) Compartment (iParent) : (0) Compartment (dCm) : (6.28319e-12) Compartment (dEm) : (-0.07) Compartment (dInitVm) : (-0.07) Compartment (dInject) : (0) Compartment (dRa) : (9.5493e+06) Compartment (dRm) : (5.30511e+08) MinimumDegree (iEntries) : (2) MinimumDegree (piChildren[0]) : (1) MinimumDegree (piChildren[0][0]) : (1) MinimumDegree (piChildren[1]) : (0) MinimumDegree (piForward[0]) : (1) MinimumDegree (piForward[1]) : (0) MinimumDegree (piBackward[0]) : (1) MinimumDegree (piBackward[1]) : (0) Tables (iTabulatedGateCount) : (3) Tabulated gate 0, interval (dStart) : (-0.1) Tabulated gate 0, interval (dEnd) : (0.05) Tabulated gate 0, interval (dStep) : (5e-05) Tabulated gate 0, interpolation (iShape) : (0) Tabulated gate 0, (iEntries) : (3000) Tabulated gate 1, interval (dStart) : (-0.1) Tabulated gate 1, interval (dEnd) : (0.05) Tabulated gate 1, interval (dStep) : (5e-05) Tabulated gate 1, interpolation (iShape) : (0) Tabulated gate 1, (iEntries) : (3000) Tabulated gate 2, interval (dStart) : (-0.1) Tabulated gate 2, interval (dEnd) : (0.05) Tabulated gate 2, interval (dStep) : (5e-05) Tabulated gate 2, interpolation (iShape) : (0) Tabulated gate 2, (iEntries) : (3000) Compartment operations ----- 00000 :: FORWARD_ELIMINATION 0 00001 :: FINISH 00002 :: BACKWARD_SUBSTITUTION 2 00003 :: FINISH_ROW 00004 :: FINISH Mechanism operations ----- 00000 :: COMPARTMENT -1.31948e-10 0 397887 1.04242 00001 :: INITIALIZECHANNEL 0.045 4.53047e-07 00002 :: SPRINGMASS -1 (nil) -1 0 0 -1 0 0 00003 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00004 :: INITIALIZECHANNEL -0.082 3.39786e-08 00005 :: SPRINGMASS -1 (nil) -1 1 0 -1 0 0 00006 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00007 :: COMPARTMENT -5.03853e-10 5e-10 88419.5 1.01001 00008 :: INITIALIZECHANNEL 0.045 3.39292e-06 00009 :: LOADVOLTAGETABLE 00010 :: CONCEPTGATE 0 3 (nil) 0.0526213 00011 :: CONCEPTGATE 1 1 (nil) 0.597868 00012 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00013 :: INITIALIZECHANNEL -0.082 1.01788e-06 00014 :: LOADVOLTAGETABLE 00015 :: CONCEPTGATE 2 4 (nil) 0.316911 00016 :: UPDATECOMPARTMENTCURRENT 00017 :: EVENTGENERATE (dVm) 0 0.01 2147483647 -1 0 00018 :: FINISH VM Diagonals (pdDiagonals[0]) : (1.04242) VM Diagonals (pdDiagonals[1]) : (1.01001) VM Axial Resistances (pdAxres[0]) : (-0.00925927) VM Axial Resistances (pdAxres[1]) : (-0.0416666) VM Axial Resistances (pdAxres[2]) : (-0.0416666) VM Axial Resistances (pdResults[0]) : (0) VM Axial Resistances (pdResults[1]) : (0) VM Axial Resistances (pdResults[2]) : (0) VM Axial Resistances (pdResults[3]) : (0) VM Membrane Potentials (pdVms[0]) : (-0.07) VM Membrane Potentials (pdVms[1]) : (-0.07) |
| 1. Comment for this test definition | This test was derived from one of Dave Beeman's tutorial scripts |
| 2. Preparation needed before the commands below : | Create the output/ directory |
| 3. And repared afterwards using : | Remove the generated output files in the output/ directory |
| 1. Expected output | application_output_file: ..//output/cell.out expected_output_file: ..//tests/specifications/strings/simplecell1-ssp.txt |